首先，南瓜砧木嫁接促进瓜类生长。嫁接可使瓜类叶片面积增加，从而对光合产生影响。
其次，南瓜砧木嫁接可增加瓜类产量。南瓜砧木嫁接对西瓜单果质量的影响因砧木而异，利用南瓜杂交种为砧木嫁接西瓜，平均单果质量比自根栽培的有所增加；在甜瓜上，嫁接植株单果质量明显受砧木影响，研究表明通过白籽南瓜嫁接薄皮甜瓜的增产效果显著，其平均单瓜重和亩产量均高于自根植株。
第三，南瓜砧木嫁接可提高瓜类耐贮性。西瓜果皮厚度与果实的食用率和耐贮性有关，较高的果皮厚度虽然降低了果实食用率，但能较好地避免操作中的机械损伤，采后贮藏时间较长。
第四，南瓜砧木对瓜类品质的影响。果实采后贮藏与果实硬度有关，较高的果实硬度有利于产品的贮藏，研究表明，南瓜砧木嫁接能增加西瓜果实硬度；口感是衡量果实感官品质的一种直观的评价方法，研究表明，嫁接后的西瓜和甜瓜果实风味普遍都比自根苗淡，这可能与不同砧穗组合、嫁接后果实发育推迟、提早采收有关。
最后，南瓜砧木能提高瓜类抗逆性。南瓜生长健壮，抵抗病害的能力强，嫁接后能提高瓜类的抗病性。同时，南瓜砧木具有耐低温和忍受高温的特性，特异的南瓜品种对盐胁迫也有一定的抗性。